آزمایشگاه در طبقه منفی یک واقع شده است. آزمایشگاه بیمارستان ناظران مجهز به تجهیزات دقیق و مدرن آزمایشگاهی و دارای بخش های مختلف تشخیصی مانند بیوشیمی، میکروب شناسی، خون شناسی، ایمونولوژی و پاتولوژی می باشد و اندازه گیری ” تومور مارکرها ” برای ” فالو آپ ” بیماران سرطانی به طور روزانه در این آزمایشگاه انجام می شود. آزمایشگاه تست های لازم جهت تشخیص و پیگیری درمان بیماران مبتلا به سرطان را فراهم نموده است. آزمایشگاه بیمارستان ناظران مجهز به دستگاه ” اسکنر اسلاید پاتولوژی ” است و آزمایشگاه را قادر خواهد ساخت با استفاده از نرم افزارهای تخصصی و رنگ آمیزهای خاص بتواند بیماران مناسب برای روش های درمانی جدید ضد سرطان مثل ایمونوتراپی و تارگت تراپی را انتخاب نماید. در آزمایشگاه ناظران “تله پاتولوژی ” و فرستادن تصویر لام پاتولوژی بیمار به مراکز پیشرفته تر داخل و خارج کشور جهت مشاوره امکان پذیر است. جهت رفاه حال بیماران مبتلا به سرطان و بیمارانی که تحت شیمی درمانی می باشند، آزمایشگاه بیمارستان ناظران به عنوان اولین آزمایشگاه بیمارستانی ، نمونه گیری از بیماران را در منزل انجام میدهد.